2016年

新鐵路項目

• 10月23日：港鐵觀塘綫延綫通車，觀塘綫伸延至黃埔站。
• 12月28日：港鐵南港島綫通車。

車站相關

• 6月6日：港鐵沙田至中環綫鑽石山站平頂。[1]
• 6月11日：港鐵觀塘綫油麻地站對調月台編號。
• 8月21日：為配合港鐵觀塘綫延綫準備工作，油麻地站4號月台改為落客月台，列車在4號月台清客後，將進入延綫路段調頭，再前往3號月台接載乘客。
• 10月15日：港鐵開放何文田站予公眾參觀。
• 10月22日：港鐵開放黃埔站予公眾參觀。
• 10月23日：港鐵何文田及黃埔站啟用。
• 12月19日：港鐵南港島綫開幕典禮於海洋公園站舉行。[2]
• 12月24日：港鐵開放南港島綫各站予公眾參觀。[3]
• 12月28日：港鐵海洋公園、黃竹坑、利東及海怡半島站啟用。

大型事故

• 7月20日：因軟件設定出錯，乘客使用輕鐵售票增值機增值後，或未能享有港鐵巴士之即日第二程九折優惠，港鐵暫停輕鐵全綫售票增值機的增值功能，該功能其後於8月4日起陸續恢復。[4][5]
• 8月25日：港鐵東鐵綫粉嶺站和上水站之間在早上11時14分受上水新運路近掃管埔路路面水管爆裂影響，影響路軌，東鐵綫來往紅磡站及羅湖站及落馬洲站的行車時間預計需要額外15-20分鐘。太和站與上水站之間要實施單軌雙程行車。紅磡至太和站要10分鐘一班車、太和至羅湖要15分鐘一班、太和至落馬洲要25分鐘一班車。東鐵綫整體行車時間延長15至20分鐘。港鐵派出接駁巴士，疏導乘客。[6]
• 10月14日：港鐵機場快綫及東涌綫上午8時40分許因架空電纜供電故障，機場快綫列車服務全線暫停，東涌綫香港站到青衣站來回，列車維持5分鐘一班；東涌綫青衣站到欣澳站來回，則維持10分鐘一班；而欣澳到東涌站來回暫停，市區預辦登機服務亦暫停，因此港鐵安排接駁巴士疏導乘客。在下午1時10分，機場快綫及東涌綫列車服務及市區預辦登機服務逐步回復正常。

其他

• 1月2日：港鐵西鐵綫首列8卡列車投入服務。
• 1月24日：電車全景遊投入服務。
• 6月26日：港鐵第七次按可加可減機制調整市區綫、輕鐵及港鐵巴士車費。
• 7月1日：全港「港鐵特惠站」提供的優惠劃一為$2。
• 11月10日：港鐵學院開幕並招生。[7]
• 11月20日：港鐵馬鞍山綫各站改用新的停車位置，月台的新建部分亦同時開放，以便訊號系統容納來年投入服務的八卡列車。