閘區合併由2008年9月28日起實施。港鐵旗下的3個鐵路轉車站，分別為九龍塘站、美孚站和南昌站均於當日起，拆除轉綫通道閘機，而未拆除的閘機則以黃色封套暫時罩住，並於稍後完全拆除。
閘區合併初期，港鐵增派職員教導乘客應如何轉乘，並以「轉綫跟黃色，不要出閘」的標語，提醒乘客轉綫時只需跟隨黃色通道，不用出閘。港鐵亦有在車站大堂和月台加強廣播，以及在報章和電台增加廣告宣傳。
合併改動
尖東站與尖沙咀站
由於尖東站與尖沙咀站間的行人隧道有多個出入口，加上行人隧道屬政府範圍，須完全開放予公眾使用，不能劃為港鐵付費區，故未能實施免出閘轉乘，所以乘客在尖東站與尖沙咀站轉乘，是需要另行購買單程票；持八達通之乘客，則需出閘後再入閘。
因此港鐵方面在尖沙咀站、尖東站的月台和大堂，及所有港鐵車站（輕鐵除外）的單程票售票機，均有提示乘客使用單程票時，不可於尖東站與尖沙咀站之間作轉車用途。
九龍塘站
- 東鐵綫車站北面大堂部分，遷移閘機及客務中心，保留但縮小非付費區通道以便加入已付費區乘客通道；在南面大堂則遷移閘機，轉乘通道完全劃作已付費區，不保留非付費區通道。
- 觀塘綫車站大堂部分，分別改動東面及西面入閘機位置。
但這樣的改動，卻取消了原來觀塘綫車站大堂部分的非收費區聯絡通道。換言之非乘車人士，不能從觀塘綫車站大堂，往返根德道至又一城商場一帶，須在地面往返。
美孚站
美孚站在荃灣綫車站及西鐵綫車站之間的聯絡通道，架起了欄杆，以分隔收費區與非收費區。由西鐵綫大堂前往荃灣綫大堂方向觀察，收費區位於非收費區右邊。
除此以外，美孚站也有下列改動：
- 近D出口前往荃灣綫大堂和西鐵綫大堂的扶手電梯分別由各5條改為各4條，並全數劃作已付費區。
- 在拆去的扶手電梯原址加建兩部升降機，並劃作已付費區。
- 連接地面（C2出口）、轉乘通道、荃灣綫大堂的升降機劃作已付費區，並於地面加設獨立的閘機和票務設施。
- 由於車站內已沒有非付費區通道連接C2出口和上述升降機，故上述升降機由屬C2出口的一部份改為獨立，並獲編為新的E出口。
- C2出口安裝了新的輪椅升降台以代替上述升降機以往提供連接車站非付費區和地面的無障礙通道。
- 位於D出口的非付費區和已付費區初期並不設閘機連接，但為免乘客擠在大堂其他閘機和繞路，在後來加設了獨立的閘機和票務設施方便乘客直接出入閘。
- 荃灣綫大堂近C出口加設了新的出閘機方便乘客離開車站。(原因同上)
南昌站
由於南昌站本身就是東涌綫及西鐵綫共構的車站，所以改動得最少：只是拆除1號和4號月台之間的部份牆壁、大堂中間的轉綫閘機及分隔兩綫付費區的欄杆便成。另外為節省能源，在4號月台的升降機改為備用用途，在1號月台的升降機停用時才開放，不過現時1號及4號月台升降機均會開放。
收費系統
閘區合併後，港鐵採用了前九鐵的收費系統以作統一，原因可能是採用該系統能作最少的改動（例如東鐵綫頭等、轉乘輕鐵等）。
票價
八達通車資早在兩鐵合併已經下降，因此沒有再下調。而當時在上述四個轉車地點仍需購買新單程票，而現在只需一張即可轉車（尖東站與尖沙咀站除外），因此現時的單程票涉及前九鐵和前地鐵路綫的車資有所下調。
外部連結
討論區
- HKiTalk：【雜影】拆閘機後的九龍塘、美孚、南昌站(影片 + 相片19幅)，2008年9月28日。
- HKiTalk：九龍塘站之改善建議(圖)，2008年11月22日。
- HKiTalk：尖東站與尖沙咀站收費區的(建議)連接方法，2010年3月24日。
