車次（trip no.）是車務運作上一個用來識別某個單程的編號。每個車次編號於每日只會使用一次，而且一般有固定的時間。
城際直通車
於中國鐵路運作上，車次編號為一個數字，前面可能有一個字母代表列車種類。在香港行走的直通車車次均以Z開頭，代表直達特快，最高速度為160 km/h。上行（往北京）的列車車次為雙數，下行（離開北京）的列車車次則為單數。如果列車中途需更換上下行，車次編號亦需改變。
城際直通車於香港境內行走東鐵綫軌道時，亦會獲得一個東鐵綫車次編號（詳見下述），但這號碼只於東鐵綫車務運作使用，並非直通車本身於中國鐵路對外發放的車次。
| 離港 | 返港 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 車次 | 路線 | 開行日期 | 開出時間 | 到達時間 | 車次 | 路線 | 開行日期 | 開行時間 | 到達時間 |
| Z98 | 九龍 → 北京西 | 隔日 | 15:15 | 翌日15:30 | Z97 | 北京西 → 九龍 | 隔日 | 12:40 | 翌日13:01 |
| Z100 | 九龍 → 上海 | 隔日 | 15:15 | 翌日10:37 | Z99 | 上海 → 九龍 | 隔日 | 17:45 | 翌日13:01 |
| Z802 | 九龍 → 常平 → 廣州東 | 每日 | 10:52 | 12:51 | Z801 | 廣州東 → 常平 → 九龍 | 每日 | 08:19 | 10:17 |
| Z804 | 九龍 → 常平 → 廣州東 | 每日 | 16:35 | 18:34 | Z803 | 廣州東 → 常平 → 九龍 | 每日 | 14:04 | 16:02 |
| Z806 | 九龍 → 常平 → 廣州東 | 每日 | 09:24 | 11:23 | Z805 | 廣州東 → 常平 → 九龍 | 每日 | 19:33 | 21:33 |
| Z808 | 九龍 → 常平 → 廣州東 | 每日 | 14:32 | 16:31 | Z807 | 廣州東 → 九龍 | 每日 | 12:03 | 13:56 |
| Z810 | 九龍 → 常平 → 廣州東 | 每日 | 20:01 | 22:00 | Z809 | 廣州東 → 常平 → 九龍 | 每日 | 17:33 | 19:31 |
| Z812 | 九龍 → 廣州東 | 每日 | 12:23 | 14:17 | Z811 | 廣州東 → 常平 → 九龍 | 每日 | 09:30 | 11:28 |
| Z814 | 九龍 → 常平 → 廣州東 | 每日 | 08:00 | 09:57 | Z815 | 廣州東 → 常平 → 九龍 | 每日 | 10:37 | 12:33 |
| Z816 | 九龍 → 常平 → 廣州東 | 每日 | 13:11 | 15:08 | Z817 | 廣州東 → 常平 → 九龍 | 每日 | 15:38 | 17:34 |
| Z818 | 九龍 → 常平 → 廣州東 | 每日 | 18:05 | 20:02 | Z819 | 廣州東 → 常平 → 九龍 | 每日 | 20:40 | 22:36 |
| 離港 | 返港 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 車次 | 路線 | 開行日期 | 開出時間 | 到達時間 | 車次 | 路線 | 開行日期 | 開行時間 | 到達時間 |
| Z98 | 九龍 → 北京西 | 隔日 | 15:15 | 翌日15:30 | Z97 | 北京西 → 九龍 | 隔日 | 12:40 | 翌日13:01 |
| Z100 | 九龍 → 上海 | 隔日 | 15:15 | 翌日10:37 | Z99 | 上海 → 九龍 | 隔日 | 17:45 | 翌日13:01 |
| Z802 | 九龍 → 常平 → 廣州東 | 每日 | 20:01 | 22:00 | Z801 | 廣州東 → 常平 → 九龍 | 每日 | 08:19 | 10:17 |
| Z804/Z805 | 九龍 → 常平 → 廣州東 → 佛山 | 每日 | 10:52 | 13:50 | Z806/Z803 | 佛山 → 廣州東 → 常平 → 九龍 | 每日 | 16:10 | 19:31 |
| Z808 | 九龍 → 廣州東 | 每日 | 11:32 | 13:26 | Z807 | 廣州東 → 常平 → 九龍 | 每日 | 09:04 | 11:02 |
| Z810 | 九龍 → 常平 → 廣州東 | 每日 | 16:35 | 18:34 | Z809 | 廣州東 → 常平 → 九龍 | 每日 | 14:04 | 16:02 |
| Z812 | 九龍 → 常平 → 廣州東 | 每日 | 07:25 | 09:24 | Z811 | 廣州東 → 九龍 | 每日 | 21:32 | 23:25 |
| Z814 | 九龍 → 廣州東 | 每日 | 12:23 | 14:17 | Z813 | 廣州東 → 常平 → 九龍 | 每日 | 09:55 | 11:53 |
| Z816 | 九龍 → 常平 → 廣州東 | 每日 | 18:44 | 20:43 | Z815 | 廣州東 → 常平 → 九龍 | 每日 | 16:14 | 18:12 |
| Z818 | 九龍 → 常平 → 廣州東 | 每日 | 14:32 | 16:31 | Z817 | 廣州東 → 九龍 | 每日 | 12:03 | 13:56 |
| Z820 | 九龍 → 常平 → 廣州東 | 每日 | 09:24 | 11:23 | Z819 | 廣州東 → 常平 → 九龍 | 每日 | 18:20 | 20:18 |
| Z824 | 九龍 → 常平 → 廣州東 | 每日 | 08:15 | 10:12 | Z823 | 廣州東 → 常平 → 九龍 | 每日 | 10:37 | 12:33 |
| Z826 | 九龍 → 常平 → 廣州東 | 每日 | 13:11 | 15:08 | Z825 | 廣州東 → 常平 → 九龍 | 每日 | 15:38 | 17:34 |
| Z828 | 九龍 → 常平 → 廣州東 | 每日 | 18:00 | 19:57 | Z827 | 廣州東 → 常平 → 九龍 | 每日 | 20:30 | 22:26 |
廣深港高速鐵路
車次編號為一個數字。高鐵車次編號以G開頭，上行（往北京）的列車車次為雙數，下行（離開北京）的列車車次則為單數。如果列車中途需更換上下行，車次編號亦需改變。
機場鐵路
三位數字的車次由頭班車順序數起，機場快綫下行（往香港）由001起計，而上行（往博覽館）則由201起計；東涌綫下行（往香港）由401起計，而上行（往東涌／青衣）則由701起計。例如車序735代表東涌綫上行第35班車（包括短途車及不載客列車）。
五位數字的車次則是由三位數字的車次，再加上代表路程的數字表示的。[2]
萬位數代表行車方向：
| 萬位數 | 方向 |
|---|---|
| 1 | 機場快綫上行 |
| 2 | 機場快綫下行 |
| 3 | 東涌綫上行 |
| 4 | 東涌綫下行 |
| 5 | 不載客機場快綫上行 |
| 6 | 不載客機場快綫下行 |
| 7 | 不載客東涌綫上行 |
| 8 | 不載客東涌綫下行 |
千位數代表目的地：
| 千位數 | 目的地 |
|---|---|
| 1 | 香港 |
| 4 | 青衣 |
| 5 | 欣澳 |
| 7 | 東涌 |
| 8 | 博覽館 |
| 9 | 小濠灣車廠 |
東鐵綫
東鐵綫（舊有TBL信號系統）列車的車次編號由一個字首再加三個數字組成。[3][4]東鐵綫轉用Trainguard MT CBTC後，車次編號由兩個字首再加四個數字組成。
| 字首 | 註釋 |
|---|---|
| 東鐵綫列車 | |
| A | 沙田 |
| B | 落馬洲（經馬場） |
| C | 火炭 |
| D | 大埔墟 |
| E | 旺角東 |
| F | 紅磡（九龍南綫通車前，現已棄用） |
| G | 大埔墟（經馬場） |
| H | 上水 |
| K | 上水（經馬場） |
| L | 落馬洲 |
| M | 羅湖 |
| N | 羅湖（經馬場） |
| R | 馬場 |
| Y | 紅磡（更換Trainguard MT CBTC訊號系統起） |
| 屯馬綫一期列車 | |
| W | 烏溪沙↔啟德 |
| X | 烏溪沙→大圍 |
| Y | 第一城↔大圍 |
| Z | 大圍→烏溪沙 |
| 其他 | |
| P/PP | 由電力機車拉動或用電力推動的直通車（即SS8、Ktt，已停止服務的新時速亦是） |
| S | 特別車／工程車 |
| T/TT | 不載客電動列車 |
| V | 由柴油機車拉動的列車（即DF11） |
| VL | 紅磡貨場↔何東樓車廠 |
| VT | 由柴油機車拉動的直通車 |
| VV | 柴油機車 |
| VW | 由柴油機車拉動的工程車 |
東鐵綫列車車次由001至699（TBL）／0001至6999（Trainguard MT CBTC），直通車列車車次由700至799／7000至7999，不載客列車車次由800至899／8000至8999，柴油機車車次由900至999／9000至9499。北行列車車次最尾數字是單數，南行列車車次最尾數字是雙數，舉例車次編號YH0001為由紅磡開往上水的北行載客列車。
輕鐵
輕鐵的車次由五位數字表示。最高三位是車序，而其餘兩位是單程編號，由01開始。如705綫車次13404代表車序134第4單。[5]