已落實興建的路綫[]
北環綫及古洞站[]
北環綫連接屯馬綫錦上路站與東鐵綫新設的古洞站,方便新界東北與北區居居民使用鐵路往來兩地,於凹頭、牛潭尾及新田增設中途站。
東涌綫延綫、小蠔灣站及東涌東站[]
東涌綫延綫將東涌綫西行總站由東涌站西延至東涌西站,方便東涌逸東邨一帶居民,並在欣澳站和東涌站之間新增小蠔灣站及東涌東站。
屯門南延綫[]
屯門南延綫將屯馬綫西行總站由屯門站南延至屯門南站,中途設第16區站,以高架形式興建及設站。
洪水橋站[]
為配合未來洪水橋新發展區落成後的交通需求,屯馬綫將於兆康和天水圍之間增設洪水橋站。
建議中的路綫[]
東九龍綫[]
東九龍綫初步建議連接觀塘綫及屯馬綫鑽石山站及將軍澳綫寶琳站,但於2023年12月12日,特區政府發布的《香港主要運輸基建發展藍圖》指出東九龍綫將改由港鐵彩虹站附近的彩虹東站出發,且不會進入將軍澳,改為於油塘站附近設置油塘東站接駁觀塘綫及將軍澳綫,方便沿綫乘客轉乘鐵路過海,預計2034至2038年通車。
南港島綫(西段)[]
南港島綫(西段)連接港島綫香港大學站與南港島綫黃竹坑站,於瑪麗醫院、數碼港、華富、田灣及香港仔設中途站。
港島西至洪水橋鐵路[]
擬由港島綫、南港島綫(西段)香港大學站來往屯馬綫、港深西部鐵路洪水橋站,於交椅A島、C島、欣澳及屯門東設中途站。
中鐵綫[]
中鐵綫連接屯馬綫、北環綫錦上路站與東鐵綫、觀塘綫九龍塘站,於荃景圍、東北荃灣及東北葵涌設中途站。